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Mieux prescrire, mieux interpréter

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Gestion des prélèvements biologiques d’un patient suspect de COVID-19 (2020)

POINTS CLÉS EN BIOLOGIE MEDICALE

Diagnostic et prélèvements

En France, le diagnostic spécifique de COVID-19 est réalisé actuellement par une RT-PCR spécifique sur un écouvillonnage nasopharyngé dont le résultat peut être obtenu généralement en 4 heures. Aucun test commercial n’est actuellement disponible.

Les prélèvements à réaliser pour le diagnostic initial COVID-19 sont les suivants :

• Un prélèvement systématique des voies respiratoires hautes (naso-pharyngé/écouvillons Virocult® ou aspirations),

• Un prélèvement des voies respiratoires basses (crachats, LBA, ATB) en cas d’atteinte parenchymateuse.

Pour plus d’informations ainsi que pour les prélèvements de suivi d’un patient positif se référer aux recommandations des CNR.

Réalisation des analyses microbiologiques

Les prélèvements destinés à la recherche d’autres agents microbiologiques autres que le SARS-CoV2 ne doivent pas être envoyés aux laboratoires destinataires avant la levée de doute sur une infection COVID-19. Ils doivent être conservés dans le service à +5°C si possible.

Il est recommandé, d’organiser la prise en charge des échantillons sous un PSM2 dédié le temps de cette prise en charge, en dehors de toute manipulation des échantillons de la routine du laboratoire.

• Manipulation des échantillons respiratoires : dans le laboratoire LSB2, sous PSM2, quelles que soient les activités réalisées (mise en tampon de lyse pour l’extraction des acides nucléiques, ensemencement à visée bactériologiques, cytologie des liquides type LBA…).

• D’autres prélèvements à visée microbiologiques (urines, hémocultures, coproculture) pourront être prescrits au décours de l’hospitalisation, uniquement en cas de nouveaux points d’appel cliniques infectieux.
La mise en culture de ces prélèvements à visée bactériologique ou mycologique, les dépôts sur lame et la fixation des lames en vue d’un examen microscopique s’effectueront en LSB2 sous PSM2 (une fois fixées, les lames peuvent être colorées en dehors du PSM2)

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