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Interprétation de la valeur de Ct (estimation de la charge virale) obtenue en cas de RT-PCR SARS-CoV-2 positive (2020)

POINTS CLÉS EN BIOLOGIE MEDICALE

 

Le biologiste médical peut donc, après évaluation locale ou à l’aide de l’abaque des valeurs de Ct obtenue comparativement à la technique du CNR IP4 (cf. annexe), établir la catégorie d’excrétion virale. Il est recommandé de suivre pour les trousses commerciales les règles d’interprétation données par le fournisseur si elles sont disponibles. En plus de ces règles, et selon le nombre de cibles virales positives et la valeur du Ct de la cible la plus sensible, le biologiste peut rendre un résultat qualitatif comme suit :

  • Si toutes cibles détectées (1/1, 2/2 ou 3/3) avec Ct de la cible la plus sensible ≤ 33,
    rendre « Positif »
  • Si 2 cibles sur 3 avec Ct de la cible la plus sensible ≤ 33, rendre « Positif »
  • Si 2 cibles sur 3 avec Ct de la cible la plus sensible > 33, rendre « Positif faible »
  • Si toutes cibles détectées (1/1, 2/2 ou 3/3) avec Ct > 33, rendre « Positif faible »
  • Si uniquement 1 cible détectée sur 1 avec Ct > 33, rendre « Positif faible »
  • Si uniquement 1 cible détectée sur 2 ou 3 avec Ct < 33, échantillon à contrôler
  • Si uniquement 1 cible détectée sur 2 ou 3 avec Ct ≥ 37, rendre « Négatif »

Ainsi, la valeur de Ct de la cible la plus sensible de la technique utilisée (comparée à la technique de référence IP4 peut être interprétée concernant l’importance de l’excrétion virale comme suit (cf. algorithme infra) :

  • Si la valeur de Ct est ≤ 33, la présence d’ARN viral détecté est compatible avec une excrétion virale significative
  • Si la valeur de Ct est > 33, la présence d’ARN viral détecté est compatible avec une excrétion virale modérée voire très faible

Comme tout résultat biologique, l’interprétation qui doit en être faite pour estimer le risque infectieux doit prendre en compte divers paramètres tels que :

  • La symptomatologie présentée par le patient puisque la toux et les éternuements sont les symptômes majoritairement associés à un risque d’aérosolisation dans l’environnement ;
  • La date de début des signes cliniques pour les patients symptomatiques ;
  • Le statut immunitaire individuel et la présence de comorbidités ;
  • Les conditions environnementales de l’individu (entourage familial, vie en collectivité, situation d’hospitalisation, prise en charge en EHPAD …).

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